۵-۴-نتیجه گیری
بطور خلاصه، با بهره گرفتن از شبیه سازی MD مقید شدن پروتئین روی سطح گرافن مشاهده شده و در انتهای این فصل به توضیح یافته ها پرداختیم. با توجه به آنچه که مشاهده شد انرژی برهمکنشی واندروالسی در هر دو محیط آبی و بدون آب کاهش می یابد. که این مسئله می تواند تاثیر بسزایی در مقید شدن پروتئین بر سطح گرافن داشته باشد. با برهمکنش پروتئین و گرافن، پروتئین شروع به حرکت کرده و چگونگی باز و بسته شدن آن با توجه به شعاع ژیراسیون مشخص شده است. پروتئین تمایل دارد دور از لبه ها و نزدیک مرکز گرافن شروع به بر همکنش کند. نتیجه گرفتیم که قید پروتئین به گرافن همیشگی بوده مگر اینکه نیروی خارجی در آن دخالت کند. این قید به یک طرف صفحه گرافن مربوط می شود . پروتئین نمی تواند وارد آن طرف صفحه گرافن شود. نتیجه دیگری که بدست آمد این بود که این ماده بعنوان ماده خطرناک برای بدن شناخته شد، چرا که در صورت ورود به بدن باعث خواهد شد پروتئین ها جذب شوند و شعاع ژیراسیون آنها تغییر کند و ممکن است منجر به از بین رفتن کارایی پروتئین گردد.

فهرست منابع
۱.Users manual of Lammps
۲.MacKerell, Jr. AD, et al. “All-atom empirical potential for molecular odeling and dynamics studies of proteins". (۱۹۹۸).

3. 3. MacKerell, Jr. AD, Feig M, Brooks"Extending the treatment of backbone energetics in protein force fields: limitations of gas-phase quantum mechanics in reproducing protein conformational distributions in molecular dynamics simulationsm. (2004).

3. 3. J. Tersoff, Phys. Rev. B ۳۷, ۶۹۹۱ (۱۹۸۸).

3. 3. D. W. Brenner, Phys. Rev. B ۴۲, ۹۴۵۸ (۱۹۹۰).

3. 3. Allen and Tildesley. Computer Simulation of Liquids. (1987).

3. 3. Kirby BJ. Micro- and Nanoscale Fluid Mechanics: Transport in Microfluidic Devices.2010

۸.Lennard-Jones, J. E. Cohesion. Proceedings of the Physical Society, ۴۳, ۴۶۱-۴۸۲. ۱۹۳۱
۹.Blake, A. N. Grigorenko, et al. Fine structure constant defines visual transparency of graphene. Science 320 (5881):1308 . 2008
۱۰.Geim, A. K. , and P. Kim. Carbon wonderland. Scientific American 298 (4):90–۹۷. Geim, A. K. , and K. S. Novoselov. 2008
۱۹.Allen, M. J , V. C. Tung, and R. B. Kaner. Honeycomb carbon: A review of graphene.2009.

20. 20. Geim, A. K, “Graphene prehistory”,۲۰۱۲.

20. 20. Oshima, C, Nagashima, A, “Ultra-Thin Epitaxial Films of Graphite and Hexagonal Boron Nitride on Solid Surfaces”, Journal of Physics: Condensed Matter.(1997).

20. 20. K. Seibert, G. C. Cho, W. Kütt, H. Kurz, D. H. Reitze, J. I. Dadap, H. Ahn, M. C. Downer, and A. M. Malvezz. Femtosecond carrier dynamics in graphit.(1990).

۲۳.k.S.novoselov,A.K.Geim,S.V.Morozov,D.Jiang,Y.Zihang,S.V.Dubonos,I.V.Grigorieva,A.A.Firsov,Electric Field Effect in Atomically Thin Carbon Films,(2004).

24. 24. Chen. D,Tang. L,Li. J, Graphene-Based Materials in Electrochemistry,(2010).

۲۵.گریسو دابلیو.جی، لافلر اِی.اِل، سوآلا کِی.سی، ریشتر اچ، تقی‌زاده ک، هوآرد جِی بی،، کامبوست ۱۹۹۸;۲۷:۱۶۶۹
۲۶.هوآرد جِی.بی، مک‌کینون جی.تی، ماکاروسکی ی، لافلر اِی.اِل، جانسون ام.ای، در مجله طبیعت ۱۹۹۱;۳۵۲:۱۳۹
۲۷.هوآرد جِی.بی، لافلر اِی.اِل، ماکاروسکی ی، میترا س، پاپ سی‌جِی، یاداو تی‌کی، در کربن ۱۹۹۲;۳۰:۱۱۸۳

28. 28. الفت پور،محمدعلی،گزارش مصور از هفتاد دستاورد برتر جهانی جمهوری اسلامی ایران،.۱۳۹۱.

۲۹.آلبرت لنینگر، مایکل کاک،س دیویدلی نلسون . اصول بیوشیمی لنینجر .ترجمه رضا محمدی آییژ،۱۳۸۵.

30. 30. G. C. Barrett and D. T. Elmore, Amino Acids and Peptides,( 2013).

۳۱.Zumdahl.Steven.s,water.(2014).

32. 32. M. P. Allen,D. J. Tildesley,Computer Simulation of Liquids.(1989).

۳۳.Kirby BJ ,Micro and Nanoscale Fluid Mechanics: Transport in Microfluidic Devices.(2013).
۳۴.Dyer KM.Perkyns JS. Stell G. Pettitt BM, Site-Renormalized molecular fluid theory: on the utility of a two-site model of water.(2009).
۳۵.Jorgensen, W. L. Quantum and statistical mechanical studies of liquids. 10. Transferable intermolecular potential functions for water, alcohols, and ethers. Application to liquid water.(1981).
۳۶.H.J.C. Berendsen, J.P.M. Postma, W.F. van Gunsteren, and J. Hermans, In Intermolecular Forces.(1981).
۳۷.Jorgensen, W. L. Chandrasekhar, J. Madura, J. D. Impey, R. W.; Klein, M. L. Comparison of simple potential functions for simulating liquid water.(1983)
۳۸.H. J. C. Berendsen, J. R. Grigera, and T. P. Straatsma. The Missing Term in Effective Pair Potentials.(1987).
۳۹.A Theory of water and lonic Solution,Bernal, J. D.; Fowler, R.H.(2004).
۴۰.Jorgensen, W. L. Revised TIPS for simulations of liquid water and aqueous.(1982).
۴۱.P. Florova, P. Sklenovsky, P. Banas, M. Otyepka. J. Chem. Theory Comput.(2011).
۴۲.S. Izvekov, G. A. Voth. Multiscale coarse graining of liquid-state systems.(2005).

43. 43. Deuflhard, P. Hermans, J. Leimkuhler, B. Mark, A.E., Reich, S, Skeel, R.D. (Eds.),Computational Molecular Dynamics:Chalenges,Methods,Ideas.(1997).

۴۴.گوهرشادی،الهه؛موسوی، مجید؛موسوی، فاطمه؛۱۳۸۷،۹۷-۱۰۳
۴۵ نیک عمل، مهدی؛ واعظ، امین الله؛ لهراسبی، امیر؛ آشنایی با روش های شبیه سازی در فیزیک، انتشارات دانشگاه صنعتی شریف (۱۳۸۶)