اعتراضات ایران، در این مرحله کمی شدیدتر بوده و موجب شد تا ماهیت واقعی سیاستهای ترکیه برای مسئولین ایرانی مشخص گردد.

مسئولان ایرانی و به خصوص مسئولین نظامی ایران مانند سردار سرلشکر رحیمصفوی مشاور عالی فرمانده کل قوا، سردار وحیدی وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، سردار سرلشکر فیروزآبادی رئیس ستاد کل نیروهای مسلح ایران به صراحت استقرار موشکهای پاتریوت در ترکیه را محکوم کرده و آنرا در خدمت اسرائیل و امریکا دانستند. سردار صفوی ضمن اشاره به بازیچه بودن ترکیه در حوادث سوریه گفتهاند {امریکا با تحریک کردن ترکیه، ناامنی را در منطقه گسترش میدهد}. سرلشکر فیروزآبادی در سخنانی در جمع فرماندهان عالیرتبه نظامی در دانشگاه عالی دفاع ملی^[۱۱۶]، میگویند {ما دوست ترکیه هستیم و برای ترکیه امنیت می‌خواهیم نه اینکه از طریق سوریه به ترکیه حمله شود که بخواهند در آنجا پاتریوت بچینند، ولی می‌بینیم پاتریوت‌ها،‌ خط دفاعی برای صهیونیست‌ها و نگرانی از موشک‌های ایران و نگرانی از حضور روسیه برای دفاع از سوریه است}. سردار وحیدی نیز در مصاحبه در این مورد می گویند {نصب موشکهای پاتریوت در ترکیه، هیچ نقشی در امنیتزایی ترکیه ندارد و این به ضرر کشور ترکیه است} (خبرگزاری دانشجویان ایران(ایسنا) ۲۵ آذر ۱۳۹۱ و ۲ دی ۱۳۹۱).
اقدام ترکیه در استقرار موشکهای پاتریوت در خاک خود تحت نظر و کنترل ناتو و مخالفتهای ایرانیان با این اقدام ترکیه، موجب تیرگی روابط دو کشور گردید به حدی که حتی لغو سفر از پیش تعیین شده احمدینژاد برای شرکت در گرامیداشت مولانا در قونیه ترکیه در اواخر سال ۲۰۱۲ (آذرماه ۱۳۹۱شمسی) را به همین خاطر و اعتراض شدید ایران به استقرار سامانه موشکی پاتریوت در ترکیه دانستهاند، هر چند هر دو طرف به این تنش و تیرگی اعتراف نمی کنند (خبرگزاری دانشجویان ایران(ایسنا) ۲۹ آذر۱۳۹۱).
از نکات مهم در سیاستهای نظامی ایران و ترکیه طی سالهای اخیر و به خصوص بعد از برقراری تنش مستمر در روابط دو کشور را میتوان تلاش ترکیه در تقویت بنیه نظامی خود از راه کمک گرفتن از سازمان ناتو و یا امریکا دانست. ترکیه علیرغم اینکه اعلام نموده است سیاست تنش صفر با همسایگان خود را در صدر سیاستهای خود داشته و تنشزدایی در منطقه را دنبال میکند، اما در ماه های ابتدایی سال ۲۰۱۲، اعلام نمود که برای تقویت نیروی هوایی خود به دنبال خرید یکصد فروند جنگنده پیشرفته"اف ۳۵"از امریکا تا سال ۲۰۱۵ است! (خبرگزاری دانشجویان ایران(ایسنا) ۵ اسفند ۱۳۹۰).
اینچنین است که روابط ایران و ترکیه در زمینه نظامی و دفاعی، به سرحد مناقشه نیز میرسد.
۳-۴-۱۳- انرژی هستهای ایران، کارت بازی بین المللی برای ترکیه
یکی از مسایلی که بر روابط دو کشور طی سالهای مورد تحقیق، تأثیر فراوانی داشته است مسألهی انرژی هستهای ایران است.
دولت ترکیه در راستای کسب پرستیژ بین المللی خود و کسب جایگاه برتر در منطقه، مسئله انرژی هستهای ایران را به یکی از مسایل مهم سیاست خارجی خود با ایران و غرب تبدیل ساخته است. ترکیه طی این سالها ضمن دفاع از حق ایران در استفاده از انرژی صلحآمیز هستهای، به عنوان میانجی و میزبان مذاکرات ایران و گروه ۱+۵ نیز ایفای نقش نموده است.
ترکیه و مسئولین آن معمولاً بر صلحآمیز بودن برنامه هسته‌ای ایران تأکید داشتهاند. چنانچه رجب طیب اردوغان نخست وزیر ترکیه در سال ۲۰۰۵ به صراحت اعلام میکند هیچ تردیدی در صلحآمیز بودن اهداف برنامه هستهای ایران، ندارم و گفته های ایرانیان در مورد برنامه هستهای را واقعیت می دانم (خبرگزاری دانشجویان ایران(ایسنا) ۱۰ بهمن ۱۳۸۳).
طی سالهای بعد نیز مسئولین ترکیه مستمراً بر صلحآمیز بودن فعالیت هستهای ایران تأکید داشتهاند. ترکیه اولین بار در سال ۲۰۰۷ میزبان مذاکرات خاویر سولانا^[۱۱۷] رئیس سیاست خارجی اتحادیه اروپا و علی لاریجانی دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران بود. بعد از این مذاکره بود که ترکیه تلاش نمود تا نقش میانجی یا حداقل میزبان مذاکرات هستهای ایران و غرب را در اختیار خود بگیرد. مسئولان ترکیه معمولاً به حقوق ایران اشاره داشته و ضمن معرفی ایران به عنوان یک دوست برای خود، بر حل مسالمتآمیز اختلافات میان ایران و غرب تأکید میکردند. چنانچه اردوغان در اکتبر ۲۰۰۹ در مصاحبه با روزنامه گاردین^[۱۱۸] میگوید {شکی وجود ندارد که او[احمدینژاد] دوست ماست. ما تاکنون روابط بسیار خوبی با یکدیگر داشته‌ایم و به هیچ مشکلی بر نخورده‌ایم، ایران قبول ندارد که به دنبال ساخت سلاح هسته‌ای است. آنها تنها مشغول کار بر انرژی هستهای برای مقاصد صلح‌آمیز هستند}. اردوغان در ادامه به کشورهای غربی هشدار میدهد که از اقدامات تهدیدآمیز بر علیه ایران خودداری کنند و میگوید {کسانی که از ایران انتقاد می‌کنند استدلال خود را به خوبی بیان نمی‌کنند، گاهی اوقات تهدیداتی انجام می‌گیرد. اگر هدف نابود کردن ایران است، من فکر نمی‌کنم این کار درستی باشد. اینکه شمااز یک طرف بگویید به دنبال صلح جهانی هستید و از طرف دیگر چنین رویکرد تخریبی را در قبال کشوری که بیش از ده هزار سال پیشینه‌ تاریخی دارد اتخاذ کنید، درست نیست } (خبرگزاری دانشجویان ایران(ایسنا) ۴ آبان ۱۳۸۸).
اردوغان همچنان به مانور در مورد برنامه هستهای ایران پرداخته و بر اساس منافع ترکیه به دفاع از ایران می‌پردازد. به طور مثال در آوریل ۲۰۱۰، در برابر تحریمهای وضع شده از سوی امریکا و غرب، مقاومت کرده و ضمن عدم حمایت از تحریمهای ایران، اینبار خواستار ایفای نقش میانجی میان ایران و غرب شده و می گوید {ترکیه اتحادی استراتژیک با ایران از قرن هفدهم تاکنون داشته است و راه‌حل دیپلماتیک برای پایان دادن به این مسأله (هسته‌ای) را خواستار[است]، باید همگی با یکدیگر بر روی این مسأله کار کنند و ما به عنوان ترکیه می‌توانیم به عنوان واسطه بسیار مهم اقدام کنیم} ( خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا) ۲۵ فروردین ۱۳۸۹).
در ادامه روند مسألهی هستهای ایران بود که در ۱۷ مه ۲۰۱۰ برابر با ۲۷ اردیبهشت ۱۳۸۹، با حضور آقایان احمدینژاد، لولا داسیلوا^[۱۱۹] و اردوغان سران سه کشور ایران، برزیل و ترکیه در تهران، موافقنامهای با نام موافقتنامه سه جانبه تهران به امضای وزرای امورخارجه سه کشور رسید تا بر اساس این موافقتنامه، اورانیوم غنی شده بیست درصد ایران جهت مبادله سوخت ایران و غرب، به صورت امانت در ترکیه نگهداری گردد. این دوره را میتوان نقطه اوج فعالیت ترکیه در موضوع هستهای ایران دانست، امری که از سوی جامعه جهانی نیز مورد تأیید قرار گرفت (خبرگزاری دانشجویان ایران(ایسنا) ۲۷ اردیبهشت ۱۳۸۹).
با توجه به احساس نزدیکی ایران و ترکیه در امور مختلف و اعتماد طرفین به یکدیگر بود که ایران در ادامه مذکرات هستهای خود با کشورهای ۱+۵، بعد از مذاکره در ژنو^[۱۲۰]، برای دور بعدی مذاکرات به استانبول^[۱۲۱]اشاره کرده و این شهر ترکیه را به عنوان میزبان دور بعدی مذاکرات پیشنهاد می‌کند که مورد توافق طرفین قرار میگیرد.
مذاکرات هستهای دو روزه ایران و گروه ۱+۵ در ۲۱ ژانویه ۲۰۱۱ برابر با یکم بهمن ۱۳۸۹ شمسی در استانبول ترکیه برگزار شد. دور بعدی این مذاکرات نیز در ۱۴ آوریل ۲۰۱۲ برابر با ۲۶ فروردین ۱۳۹۱ در استانبول برگزار گردید. برخی نشستهای دوجانبه کارشناسان ایران و گروه ۱+۵ نیز در این شهر ترکیه برگزار گردید.
۳-۴-۱۴- تنش در روابط ایران و ترکیه پیرامون مذاکرات هسته‌ای
از ماه های ابتدایی سال ۲۰۱۱ بود که ایرانیان به مرور زمان نسبت به برگزاری مذاکرات هستهای ایران و گروه ۱+۵ در ترکیه، تغییر موضع دادند. این تغییر رویکرد ایران نسبت به ترکیه را بسیاری از کارشناسان، ناشی از دخالت‌ها و مواضع ضد سوری مسئولان ترکیه میدانند. تغییر موضع ایران نسبت به ترکیه چنان بود که بسیاری از مسئولین و نمایندگان مجلس ایران نسبت به برگزاری دور بعدی مذاکرات در ترکیه هشدار داده و خواهان برگزاری نشست بعدی ایران و گروه ۱+۵ در کشور دیگری بودند، سرانجام بغداد به عنوان میزبان دور بعدی این مذاکرات انتخاب گردید.
در این زمینه سید محمدجواد ابطحی نماینده مردم خمینی شهر در مجلس هشتم شورای اسلامی ضمن اینکه ترکیه را عامل امریکا و اسرائیل در منطقه میداند، میگوید {شورای عالی امنیت ملی^[۱۲۲] باید در تعیین جا برای مذاکره باNPT ^[۱۲۳] تجدید نظر[کند]}. مصطفی کواکبیان یکی از اعضای کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس هشتم نیز ضمن تذکری در اولین جلسه علنی مجلس در سال ۱۳۹۱ میگوید {ما در چند روز گذشته میزبان آقای رجب طیب اردوغان بودیم اما ایشان بلافاصله بعد از ترک تهران، اجلاسی را در ترکیه میزبانی کردند که هیچگاه در مسیر احقاق حقوق مردم سوریه نبود و این موضوع در تضاد سیاست جمهوری اسلامی ایران است، ضمن اینکه ترکیه اقدام به کاهش بیست درصدی واردات نفتی خود از ایران کرده است که این اقدام نیز محکوم است و من از مسئولین وزارت خارجه می‌خواهم در موضع ‌گیری‌ها و مراودات خود با ترکیه، این موضوع را مد نظر قرار دهند و دقت بیشتری داشته باشند}.
محمد کرمیراد، عضو دیگر کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس نیز ضمن انتقاد صریح از موضع ترکیه و اردوغان در مسایل سوریه و بحرین، گفتند {بنابراین از دبیر شورای عالی امنیت ملی تقاضا می‌شود به هیچ وجه با تشکیل برگزاری اجلاس ۱+۵ در کشور ترکیه موافقت نکند}، سرکار خانم نیره اخوان عضو کمیسیون قضایی و حقوقی مجلس نیز ضمن موضعگیری در این مورد میگویند {کشور ترکیه صلاحیت میزبانی جلسات مشترک ایران و ۱+۵ را ندارد} (خبرگزاری دانشجویان ایران(ایسنا) ۱۵ فروردین و ۱۶ فروردین و ۲۰ فروردین ۱۳۹۱).
به مرور زمان رابطه دو کشور پیرامون حل مسأله‌ی انرژی هستهای ایران نیز دچار تنش شدید گردید. البته باید گفت که این رابطه از اول نیز بر پایه منافع ترکیه و خودنمایی این کشور طرح ریزی شده بود، به خصوص آنکه نامیک تان^[۱۲۴] سفیر ترکیه در واشینگتن، در آخرین روزهای سال ۲۰۱۱ به صراحت از مخالفت کشورش با ایران هستهای، پرده برداشته و میگوید {اگر امریکا هم با ایران هستهای کنار بیاید، ما[ترکیه] نمیآییم} (سایت فارسی رادیو آلمان(دویچهوله) ۱۳/۱۲/۲۰۱۱).
۳-۴-۱۵- روابط سیاسی، سفرها و مذاکرات دوجانبه
با وجود برخی مشکلات و تنشهای فی مابین، مسئولین دو کشور طی سالهای مورد نظر (۲۰۱۲ - ۲۰۰۸)، سفرهای زیادی به کشورهای یکدیگر نموده و مذاکرات دو جانبه فراوانی با هم داشتهاند که چند مورد از مهمترین این دیدارها در زیر می آید.
سال ۲۰۰۸:
۱ - دیدار محمود احمدینژاد با رجب طیب اردوغان در جلسه سران سازمان کنفرانس اسلامی^[۱۲۵]،اسفند ۱۳۸۶ در ترکیه.
۲ - دیدار محمود احمدینژاد با رجب طیب اردوغان و دیگر سران دولت ترکیه پیرامون تجارت، اقتصاد و مسایل دوجانبه و منطقهای، مرداد ۱۳۸۷ در ترکیه.
۳ - دیدار منوچهر متکی وزیر امورخارجه ایران با علی باباجان^[۱۲۶] وزیر امورخارجه ترکیه پیرامون مسایل عراق، خرداد ۱۳۸۷ در سوئد.
۴ - دیدار منوچهر متکی با رجب طیب اردوغان و عبدالله گل پیرامون مسایل اقتصادی و انرژی، تیر ۱۳۸۷ در ترکیه.
۵ - دیدار سعید جلیلی دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران با علی باباجان وزیر امورخارجه ترکیه پیرامون بحث انرژی هستهای ایران، تیر ۱۳۸۷ در ترکیه.
۶ - دیدار منوچهر متکی با علی باباجان پیرامون مسایل دوجانبه و حوزه قفقاز ، مهر ۱۳۸۷ در ترکیه .
سال ۲۰۰۹:
۱ - دیدار رجب طیب‌اردوغان با محمود احمدینژاد و دیگر مسئولین ایرانی پیرامون اقتصاد، انرژی و تجارت و …، آبان ۱۳۸۸ در ایران.
۲ - دیدار محمود احمدینژاد با عبدالله گل و دیگر مسئولین ترکیه در اجلاس کومسک^[۱۲۷] (کمیته دائمی همکاریهای اقتصادی و بازرگانی سازمان کنفرانس اسلامی)، آبان ۱۳۸۸ در ترکیه.
۳ - دیدار منوچهر متکی با داوداوغلو وزیر امورخارجه ترکیه در اجلاس دوستان پاکستان، شهریور ۱۳۸۸ در ترکیه.
۴ - دیدار احمد داوداوغلو با محمود احمدینژاد، علی لاریجانی و منوچهر متکی، پیرامون مسایل مختلف دوجانبه، شهریور ۱۳۸۸ در ایران.
۵ - دیدار محسن رضایی دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران با رجب طیب اردوغان، عبدالله گل و دیگران پیرامون مسایل مختلف دوجانبه، مهر ۱۳۸۸ در ترکیه.
۶ - دیدار احمد داوداوغلو با محمود احمدینژاد و دیگران پیرامون مسایل دو جانبه، آبان ۱۳۸۸ در ایران.
۷ - دیدار سعید جلیلی با رجب طیب اردوغان و داوداوغلو پیرامون روابط دو جانبه و انرزژی هستهای، آذر ۱۳۸۸ در ترکیه.
۸ - دیدار حمیدرضا حاجیبابایی وزیر آموزش و پرورش ایران با همتای خود پیرامون مسایل آموزشی و فرهنگی، بهمن ۱۳۸۸ در ترکیه.
۹ - دیدار منوچهر متکی با عبدالله گل و احمد داوداوغلو پیرامون مسایل اقتصادی و…، بهمن ۱۳۸۸ درترکیه.
سید محمد خاتمی رئیس جمهور سابق ایران نیز در ابتدای فروردین ۱۳۸۸، جهت شرکت در کنفرانس ائتلاف تمدنها^[۱۲۸]به ترکیه سفر نموده و مورد استقبال مسئولین این کشور از جمله اردوغان و عبدالله گل قرار گرفتند.
سال۲۰۱۰:
۱ - دیدار محمود احمدینژاد با رجب طیب اردوغان و دیگر سران دولت ترکیه پیرامون مسایل فی مابین و شرکت در جلسه سران سازمان همکاریهای اقتصادی اکو، دی ۱۳۸۹ در ترکیه.
۲ - دیدار عبدالله گل رئیس جمهور ترکیه با مقام معظمرهبری، محمود احمدینژاد و دیگران پیرامون مسایل دو جانبه به خصوص اقتصادی، بهمن ۱۳۸۹ در ایران.
۳ - دیدار علی لاریجانی رئیس مجلس ایران با عبدالله گل و دیگر مسئولین ترکیه پیرامون مسئلهی فلسطین و قدس، اردیبهست ۱۳۸۹ در ترکیه.
۴ - دیدار"محمدعلی شاهین"رئیس مجلس ترکیه با علی لاریجانی پیرامون مسایل پارلمانی و روابط دو جانبه، خرداد ۱۳۸۹ در ایران.
۵ - دیدار منوچهر متکی و احمد داوداوغلو پیرامون مسایل دو جانبه ، تیر ۱۳۸۹ در سوئد .
۶ - دیدار محمدرضا رحیمی معاون اول رئیس جمهور ایران با رجب طیب اردوغان و دیگر سران دولت ترکیه پیرامون مسایل اقتصادی و …، شهریور ۱۳۸۹ در ترکیه.
سال ۲۰۱۱:

1. - دیدار محمود احمدینژاد با عبدالله گل، رجب طیب اردوغان و دیگران پیرامون مسایل اقتصادی، اردیبهشت ۱۳۹۰ در ترکیه.