پس از ترکیب وزن­های مختلف، نوبت به تعیین وزن هر یک از معیارها می­رسد. برای تعیین وزن معیارها روش­های مختلفی نظیر “حداقل مربعات^[۱۳۶]“، “روش بردار ویژه^[۱۳۷]” و “روش­های تقریبی^[۱۳۸]” وجود دارد. از بین این روش­ها، روش­های تقریبی به دلیل دقت قابل قبول، محاسبات کمتر و سادگی بیشتر از محبوبیت بالاتری برخوردارند. روش­های تقریبی شامل روش­هایی نظیر مجموع سطری، مجموع ستونی، میانگین هندسی و میانگین حسابی می­باشد. در صورت سازگار بودن ماتریس مقایسات زوجی، نتیجه هر ۴ روش یکسان خواهد بود؛ اما در صورت ناسازگاری، دقت روش میانگین هندسی از سایر روش­ها بیشتر است. در روش میانگین هندسی، ابتدا میانگین هندسی هر یک از سطرها با بهره گرفتن از رابطه ۲-۴۲ محاسبه شده و سپس نتایج حاصل نرمال شده و وزن­های مورد نیاز تعیین می­شوند.

گاهی اوقات در ماتریس مقایسات زوجی، امکان بروز ناسازگاری وجود دارد. ناسازگاری را می­توان عدم تطابق مقایسات دانست. به‌عنوان‌مثال، ممکن است یکی از خبرگان/مدیران میزان برتری معیار اول را نسبت به معیار دوم ۳ در نظر گرفته و میزان برتری معیار دوم نسبت به معیار سوم را ۲ در نظر گرفته باشد. بدین ترتیب انتظار می­رود که نظر وی در مورد برتری معیار اول نسبت به معیار سوم برابر ۶(۳*۲) باشد؛ در این صورت چنانچه نظر وی مقداری غیر از ۶ باشد، ناسازگاری رخ داده است. مرحله پنجم در فرایند تحلیل سلسله مراتبی، مرحله سازگاری بوده که هدف آن اعتبارسنجی پاسخ­ها می­باشد. این مرحله به پژوهشگران کمک می­ کند تا میزان صحت فرایند را بررسی کرده و به‌درستی آن اعتماد کنند. روش­های مختلفی برای محاسبه ناسازگاری معرفی شده که معروف­ترین و پرکاربردترین آن‌ها روش بردار ویژه است. مراحل محاسبه ناسازگاری با بهره گرفتن از بردار ویژه در ادامه شرح داده شده است:
وزن هر یک از معیارهای موجود در هر یک از مولفه­ها با بهره گرفتن از روش­های نرمال­سازی و میانگین موزون تعیین می­ شود.
بردار مجموع وزنی^[۱۳۹] از طریق ضرب کردن مقادیر اصلی مقایسات در وزن معیارها و جمع کردن آن‌ها محاسبه می­ شود.

بردار سازگاری(C.V) با تقسیم هر یک از مولفه­های WSV بر مقدار وزن هر یک از معیارها محاسبه می­گردد.
میانگین موزون C.V محاسبه شده و نامگذاری می­ شود.
شاخص ناسازگاری(I.I) از طریق رابطه۲-۴۴ محاسبه می­ شود.

نرخ ناسازگاری(I.R) از طریق رابطه ۲-۴۵ محاسبه می­ شود.

در رابطه ۲-۴۵، مقدار شاخص تصادفی بوده که از طریق جدول۲- ۱۲ استخراج می­ شود.
جدول۲- ۱۲ مقادیر شاخص تصادفی به ازای مقادیر مختلف n