اجرای عملیات ساختمانی به دلیل سر و صدای ناشی از تردد ماشین آلات و استفاده از مواد منفجره در مناطق صخره‌ای، سبب ایجاد آلودگی در محیط خواهد گردید.
نفوذ پساب‌های حاصل از کارگاه‌های موقت ساختمانی به آب‌های زیرزمینی، احتمال افزایش میزان آلودگی محدود را در این منابع به دنبال خواهد داشت. در شکل (۴-۱) برخی از اثرات منفی طرح انتقال آب از سد کوچری به شهر قم در مرحله اجرایی بر محیط­زیست فیزیکی-شیمیایی نشان داده شده است.

(الف) (ب)

(ج) (د)
شکل ۴-۱: اثرات طرح انتقال آب از سد کوچری به شهر قم در مرحله اجرایی بر محیط­زیست فیزیکی-شیمیایی
الف- افزایش کدورت و مواد معلق در آب در اثر قطع مسیر رودخانه ب- بهم ریختگی در شکل ظاهری و مورفولوژی طبیعی منطقه در اثر خاکبرداری و خاکریزی ج- ایجاد دگرگونی در سیمای طبیعی محل در اثر انفجار د- فعالیت‌های اثرگذار بر بافت طبیعی خاک منطقه
در مرحله بهره ­برداری از طرح انتقال آب از سد کوچری به شهر قم، اثرات بسیار محدودتر خواهد بود. تنها اثر منفی محتمل، افزایش پساب خروجی از تصفیه­خانه قم به دلیل بهره ­برداری از خط انتقال جدید می‌باشد. همچنین از اثرات مثبت اجرای طرح بر محیط­زیست فیزیکی-شیمیایی می‌توان به بهبود وضعیت آبخوان‌های زیرزمینی در محدوده دشت‌های گلپایگان، خمین، موته و محلات اشاره نمود.
در صورت بهره ­برداری از خط انتقال آب، حجم پساب تولیدی تصفیه­خانه قم افزایش می­یابد. البته با توجه به تحقیقات به عمل آمده، در حال حاضر پساب خروجی از تصفیه­خانه قم در امر آبیاری اراضی زراعی استفاده می‌گردد و با توجه به میزان پایین کدورت آب، میزان کمی لجن تولید می‌گردد. در هر حال مقداری از پساب تصفیه­خانه وارد رودخانه شده و باعث افزایش بار آلودگی آن می‌شود. این امر همچنین می‌تواند احتمال آلودگی خاک را نیز به همراه داشته باشد.
۴-۲- بررسی اثرات طرح انتقال آب از سد کوچری به شهر قم بر محیط­زیست بیولوژیکی
۴-۲-۱- اثرات به وجود آمده در صورت عدم اجرای طرح بر محیط­زیست بیولوژیکی
توسعه فعالیت‌های کشاورزی در پایین دست سد گلپایگان باعث کاهش میزان آب رودخانه قمرود گردیده است. به همین علت کاهش ظرفیت زیستگاه آبزیان حتی در شرایط عدم اجرای طرح انتقال آب از سد کوچری به شهر قم نیز رخ می­دهد.
۴-۲-۲- اثرات به وجود آمده در صورت اجرای طرح بر محیط­زیست بیولوژیکی
با توجه به مشاهدات میدانی به عمل آمده مشخص گردید که قسمت اعظم مسیر انتقال، در مجاورت جاده اصلی قرار دارد و محل اجرای طرح تنها قسمت‌های محدودی از مناطق حساس و زیستگاه‌های با ارزش را در بر می‌گیرد. بنابراین مسلم است که اجرای پروژه اثرات منفی چندانی بر جای نمی‌گذارد. اکثریت اثراتی هم که در مرحله اجرایی ممکن است به وجود آیند عمدتا موقتی و زودگذر هستند. تنها اثر مهمی که به صورت دائم می‌تواند بر جای گذارد، اختلال در وضعیت گدار و تردد وحوش با ارزش حفاظتی (مخصوصا آهو) می‌باشد. سایر اثراتی که ممکن است به وجود آیند، از قبیل کدورت و گل آلودگی محیط آبی، ایجاد ترس و استرس حاصل از انفجار و جاده سازی در وحوش و… همگی موقتی می‌باشند و با پایان مرحله اجرایی به طور کلی از بین رفته یا به میزان قابل توجهی کاهش می‌یابند.

در مرحله اجرایی، حفاری و خاکبرداری و احداث جاده‌های دسترسی روستایی از جمله فعالیت‌هایی است که در ابتدای عملیات انجام می‌شود. در اثر اجرای این فعالیت‌ها، پوشش گیاهی در محدوده بلافصل به طور کامل از میان می‌رود.
برداشت منابع قرضه از جمله فعالیت‌هایی می‌باشد که بیشترین اثر را در عملیات ساختمانی بر اکوسیستم آبی می‌گذارد. در طرح انتقال آب از سد کوچری به شهر قم، برداشت منابع قرضه از بستر رودخانه قمرود در پایین دست سد کوچری انجام می­ شود که علاوه بر اینکه شرایط طبیعی اکوسیستم آبی رودخانه را تا مسیری که به شرایط رودخانه بستگی دارد بر هم می‌زند، در اثر حمل و نقل و سایر فعالیت‌های وابسته، پوشش گیاهی رودخانه نیز اثر منفی می‌پذیرد که محدود به مرحله اجرایی می‌باشد.
همچنین در مرحله بهره ­برداری، بهره ­برداری از جاده‌های دسترسی به عنوان تنها اثر ممکن به وجود آمده این مرحله بر شرایط طبیعی زندگی حیات وحش منطقه می‌باشد که می‌تواند به دلیل تردد ماشین آلات، اثر منفی بر جای گذارد.
در دوران بهره ­برداری از خط انتقال آب، پوشش گیاهی منطقه اثر چندانی از طرح نمی‌پذیرد چراکه بیشترین اثرات و تخریب‌ها در دوران ساختمانی اعمال شده است.
۴-۳- بررسی اثرات طرح انتقال آب از سد کوچری به شهر قم بر محیط­زیست اقتصادی-اجتماعی
۴-۳-۱- اثرات به وجود آمده در صورت عدم اجرای طرح بر محیط­زیست اقتصادی-اجتماعی
در صورت اجرا نشدن طرح، وضعیت اقتصادی-اجتماعی محدوده مورد بررسی، طبق روند کنونی آن تداوم می­یابد. به این معنی که کاهش جمعیت در روستا‌ها و افزایش آن در شهر‌ها پیش خواهد آمد، قابلیت‌های اقتصادی و صنعتی امکان بروز