ـ عدم امکان واگذاری تملک زمین به خارجی‌ها،

ـ عدم اطمینان از حفظ حقوق مالکیت،

ـ اجازه صدور مجوز برای تأسیس و یا افتتاح شعب که در اختیار بانک مرکزی است.

در حال حاضر به موجب ماده (۴) آیین‌نامه اجرایی عملیات پولی و بانکی در مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی جمهوری اسلامی ایران، «تأسیس بانک و مؤسسه و افتتاح شعب بانک‌ها و مؤسسات اعم از ایرانی یا خارجی در مناطق موکول به پیشنهاد سازمان و صدور مجوز توسط بانک مرکزی است». همچنین به موجب تبصره «۱» این ماده، «اساسنامه بانک‌ها و مؤسسات و هر گونه تغییرات بعدی در اساسنامه آن ها، باید پس از پیشنهاد سازمان به تأیید شورای پول و اعتبار برسد».

گفتار هفتم : مقررات کار و اشتغال

به منظور تسهیل و گسترش فعالیت‌های اقتصادی در مناطق آزاد، مقررات مربوط به اشتغال نیروی انسانی و بیمه تأمین اجتماعی در مناطق آزاد، متفاوت از سرزمین اصلی تدوین شده است. به موجب ماده (۱۲) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد، تصویب این مقررات به هیئت وزیران محول شده و به دنبال آن آیین‌نامه اجرایی «مقررات مربوط به اشتغال نیروی انسانی و بیمه تأمین اجتماعی در مناطق آزاد» به تصویب رسید. تلاش شده تا در آیین‌نامه اجرایی شرایط به گونه‌ای ایجاد شود تا واحدهای فعال در مناطق آزاد بتوانند به جذب نیروی کار متخصص و کارآمد، فارغ از محدودیت‌های قانون کار، بپردازند با این حال ایراداتی نیز متوجه این مقررات است که سازمان‌های مناطق آزاد و واحدهای فعال در آن را با مشکل مواجه ساخته است.

گفتار هشتم : تعمیم قوانین جدید به مناطق آزاد

تعمیم بعضی قوانین جدیدالتصویب به مناطق آزاد و الزام مناطق آزاد به وضع عوارض که موجب افزایش قیمت محصول نهایی در مناطق آزاد می‌شود. مانند عوارض بابت حمایت از مصرف‌کنندگان و تولید‌کنندگان داخلی.

گفتار نهم : وجود معارض و مدعیان مالکیت در مناطق آزاد

یکی از مشکلات زمین‌های مناطق آزاد، وجود مدعیان مالکیت و معارضان اراضی است. این مشکل پس از گذشت ۱۷ سال از مناطق آزاد همچنان پابرجاست و این مناطق را با مشکل ایجاد ‌کرده‌است. این موضوع ناشی از نقشه‌های اولیه مناطق آزاد است که دارای دقت کافی نبوده و در هنگام تعیین محدوده‌ها موضوع ساکنین محلی و سایر مدعیان کمتر مورد توجه قرار گرفته است.

گفتار دهم : دوره های کوتاه‌مدت کاری مدیران مناطق

میانگین دوره عمر مدیریت مدیران مناطق آزاد ۲ سال است که این موضوع باعث شده تا این مناطق در دستیابی به اهداف اولیه با مشکل مواجه شوند. دوره مدیریت کوتاه‌ مدت باعث می‌شود تا مدیران دید کلان به برنامه ها اقتصادی اجرا شده نداشته باشند و طرح‌های زودبازده را مد نظر قرار دهند. این موضوع بیشتر به جهت اعمال سیاست‌های حزبی در به کار گیری مدیران است.

گفتاریاز دهم : عدم تعریف جایگاه مناطق آزاد در برنامه های پنج‌ساله و بلندمدت

عدم تعریف جایگاه مناطق آزاد در برنامه های بلندمدت باعث شده تا سایر نهادهایی که می‌باید طرح‌های تفصیلی و بلندمدت خود را بر اساس طرح‌های جامع مناطق آزاد تنظیم و مغایرت‌های احتمالی را مطابق با طرح‌های جامع مناطق اصلاح کنند، از این کار تمرد نمایند. به طور کلی نگاه برنامه های توسعه کشور به موضوع مناطق آزاد به خصوص برنامه چهارم و پنجم تنها به صورت تصویب قوانین موردی بوده و در این خصوص نگاه جامع و برنامه‌ای وجود نداشته است. در برنامه های چهارم و پنجم توسعه تنها یک ماده به مناطق آزاد اختصاص یافته که به تبیین و تأکید برخی قوانین موجود در قانون چگونگی اداره مناطق آزاد پرداخته و یا مقررات موردی را در این زمینه مقرر می‌کند. در هیچ کدام از برنامه های چهارم و پنجم مشخص نشده که برای مثال پس از پایان برنامه، مناطق قرار است به چه نقطه‌ای برسند، چه میزان سرمایه خارجی جذب کنند و چه تعداد شرکت در آن ها ثبت شود. در صورتی که مشخص نمودن این موارد در برنامه های توسعه می‌تواند به مشخص نمودن سند راهبردی مناطق آزاد کمک کند.

گفتار دوازدهم : حضور گمرک ایران در مبادی ورودی کالا به مناطق آزاد

به موجب ماده (۱۷) مقررات صادرات، واردات و امور گمرکی مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی جمهوری اسلامی ایران، «کنترل و نظارت بر ورود و صدور کالا از مناطق آزاد به سایر نقاط کشور توسط گمرک جمهوری اسلامی ایران صورت می‌گیرد. سرپرست گمرک مستقر در منطقه با معرفی سازمان و حکم رئیس کل گمرک منصوب می‌شود». به موجب تبصره این ماده نیز «کنترل و نظارت بر ورود و صدور کالا از مناطق آزاد به سایر کشورها توسط گمرک سازمان بر مبنای این مقررات و دستورالعمل‌های اجرایی مربوط انجام می‌پذیرد». ‌بر اساس این ماده، گمرک ایران باید صرفاً در مبادی ورودی کالا به سرزمین اصلی و بالعکس قرار گیرد، حال آنکه گمرک مذکور هم‌اکنون ضمن استقرار در مبادی خروجی کالا به سرزمین اصلی، در مبادی خروجی کالا از خارج از کشور به مناطق آزاد نیز حضور می‌یابد که با قوانین و مقررات عمومی و خصوصی مناطق آزاد مطابقت ندارد. برطبق ماده (۱) مقررات صادرات، واردات و امور گمرکی مناطق آزاد، «گمرک سازمان واحدی از زیرمجموعه سازمان منطقه می‌باشد که مجری مقررات صادرات و واردات در هر منطقه است». با توجه به ماده (۱۷) مقررات صادرات و واردات و لزوم حفظ مدیریت یکپارچه در مناطق آزاد باید شرایطی اتخاذ شود تا مطابق قانون، صدور و ورود کالا از مناطق آزاد تنها زیر نظر گمرک سازمان صورت پذیرد. از دیگر چالش‌ها و موانع که در ارتباط با گمرک در مناطق آزاد مطرح است، ابهام و در وضعیت اموال تملیکی و کالاهای متروکه در مناطق آزاد است که بر ضرورت تصویب قانون در این زمینه تأکید می‌کند.

گفتار سیزدهم : عدم وجود مراجع خاص برای رسیدگی به پرونده های خارجی

ایجاد محیط امن برای سرمایه‌گذاری خارجی و اطمینان سرمایه‌گذار از حفظ حقوق مالکیت از پیش‌نیازهای لازم برای جذب سرمایه‌گذار خارجی است. در حال حاضر مراجع قضایی خاصی برای رسیدگی به پرونده های قضایی مرتبط با سرمایه‌گذاران خارجی وجود ندارد. در حالی که وجود چنین مراجعی می‌تواند در ایجاد تسریع در امور پرونده های قضایی سرمایه‌گذاری خارجی کمک کند. ‌بنابرین‏ در راستای جذب سرمایه‌گذاری خارجی و ایجاد محیط امن برای سرمایه‌گذاری، لازم است تا در خصوص بررسی پرونده های قضایی مرتبط با سرمایه‌گذاری خارجی، تدابیری اتخاذ شود تا این پرونده ها در مراجع قضایی خاص و محاکم تخصصی رسیدگی شود.